Nella primavera del 1916, vista l'insoddisfacente collaborazione dei francesi a livello crittografico, il gen. Marchetti incaricò il cap. Luigi Sacco dell'istituzione di un reparto crittografico presso il comando supremo; l'obiettivo era di poter decrittare i crittogrammi austriaci e tedeschi che venivano intercettati dalla stazione R.T. di Codroipo.

Sacco dovette però restare a Codroipo a occuparsi contemporaneamente di radiointercettazioni e di crittanalisi, e solo a fine ottobre 1916, convinti dai primi successi nella decrittazione dei messaggi austriaci, gli alti comandi lo trasferirono a Roma per dedicarsi a tempo pieno alla decrittazione dei messaggi austriaci.

A Roma il suo ufficio era in un palazzo di via Nazionale mimetizzato da ufficio commerciale e Sacco vi si recava in abiti borghesi; non conoscendo il tedesco scelse come collaboratori due irredenti che avevano una buona conoscenza di quella lingua: Tullio Cristofolini di Trento e Mario Franzotti di Gorizia, oltre al poliglotta prof. Remo Fedi. A capo dei radiointercettatori e goniometristi era il cap. ing. Franco Magni.

Sacco aveva una grossa esperienza nel campo della radiotelegrafia, molto più limitata in campo crittografico; ma le sue rilevanti capacità logico-matematiche gli permisero di ottenere in breve tempo risultati eccellenti anche in questo campo.

Per prima cosa volle farsi un'idea del tipo di cifrari usati dagli austriaci e fece ricerche presso il ministero degli esteri per sapere se questo si fosse preoccupato di intercettare le comunicazioni tra l'ambasciata austriaca a Roma e il ministero degli esteri a Vienna. Scoprì che per ordine del ministro Sonnino erano stati effettivamente intercettati un gran numero di telegrammi, poi semplicemente ammucchiati in un deposito dell'ufficio postale di S. Silvestro a Roma.

Ordinata la requisizione immediata di tutto questo materiale, Sacco si mise al lavoro e in breve tempo riuscì a decrittare i messaggi scambiati tra il ministro degli esteri austriaco Stephan Burian e l'ambasciatore a Roma Karl Macchio nelle settimane precedenti il 24 maggio 1915 (dichiarazione di guerra e conseguente partenza di Macchio da Roma).

Dopo questo primo passo, Sacco si dedicò con grande energia, passando giorni e notti insonni, alla decrittazione dei messaggi austriaci; il primo successo arrivò nell'agosto 1916 quando il reparto crittografico riuscì a forzare i radiogrammi austriaci durante la battaglia di Gorizia; per citare le sue stesse parole nel Manuale di Crittografia:

Molto più difficile fu per Sacco convincere i comandi supremi ad abbandonare i cifrari semplici ma poco sicuri (tipicamente il cifrario militare tascabile, variante del Vigenere) che venivano ancora usati dall'esercito. Gli veniva obiettato che i cifrari proposti erano troppo complicati e richiedevano troppo tempo per la cifratura. Solo dopo la disfatta di Caporetto di fronte all'evidenza che i cifrari italiani venivano tranquillamente decrittati dal nemico, ci si decise ad adottarne di nuovi e più robusti.

I successi crittografici valsero a Sacco la promozione a maggiore nell'aprile 1917 e a tenente colonnello per meriti eccezionali nel maggio 1918. Nel giugno 1918 i successi del reparto crittografico diedero un aiuto importante alle battaglie del Montello. Un successo spesso ricordato fu quello della decrittazione dei crittogrammi di Conegliano.

Ma il giugno 1918 fu dolce-amaro per Luigi Sacco: la gioia per la ricordata promozione e per questi successi furono turbate dalla morte del fratello minore Umberto caduto sul Montello nella battaglia del solstizio il 21 giugno 1918 e in seguito insignito della medaglia d'oro al valor militare. A Umberto Sacco sono ancor oggi dedicate una via ad Alba e una via sul Montello (la terza presa in comune di Nervesa della battaglia).

Una volta finita la guerra Sacco si trovò di fronte alla scelta se proseguire la carriera militare o sfruttare l'esperienza acquisita in campo crittografico in altri settori dello stato, ma alla fine la nomina a direttore dell'Officina di trasmissioni dell'arma del Genio sciolse in lui ogni dubbio.